故事發(fā)生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現(xiàn)在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四

晴朗時節(jié)，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛(wèi)隊的宙斯盾戰(zhàn)艦，體驗一把出海作戰(zhàn)的感覺，期間還結(jié)識了美麗又有著幾分神秘的女自衛(wèi)隊員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰(zhàn)艦上突然發(fā)現(xiàn)一