故事發生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四

2029年3月某日，某國大使館遭到一群經大規模義體改造的武裝分子的入侵，眾多外國使節及其同儕眷屬淪為人質，事態十萬火急。草薙素子（坂本真綾 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古薩（新垣樽助 配音）等得力屬下，并制定了周密的營救計劃。誰知當一切都按部就班進行之時，意外突然發生。與此同時，距離大使館