2029年3月某日，某國大使館遭到一群經大規模義體改造的武裝分子的入侵，眾多外國使節及其同儕眷屬淪為人質，事態十萬火急。草薙素子（坂本真綾 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古薩（新垣樽助 配音）等得力屬下，并制定了周密的營救計劃。誰知當一切都按部就班進行之時，意外突然發生。與此同時，距離大使館

這是一段攻殼機動隊成立前夕鮮為人知而又影響深遠的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機密部隊501機關的真室中佐（宮內敦士 配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他對死亡背后自然隱藏著無數謎團。陰雨之夜，試圖取回真室電子腦的公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）與生化人