故事發生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四

應該是從遙遠的宇宙彼方K隆星來侵略地球的KERORO小隊，在劇場版中卻將地球從可怕的危機中拯救出來……這一次，KERORO軍曹的面前出現了最新！最惡！最強的敵人！！　　故事講述冬樹與KERORO小隊一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀，喜歡神秘事物的冬樹當然是大為高興，可是KERORO的腦袋里面裝滿了