就快放暑假了，小學生上原康一在放學回家的路上撿到一塊大石頭。他把石頭帶回了家，沒想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童來。小河童對他“咕”的叫了一聲，于是康一就給它取名為“小咕”。　　小咕會說人類的語言，幾百年來他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他們一起洗澡，一起吃飯，一起睡覺。而其它家

故事發生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四

某日，小新（矢島晶子 配音）在河堤上撿到了一瓶神秘的液體，把它帶回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢橋美紀 配音）和廣志（藤原啟治 配音）在無意之中將其喝下，隔天竟然變異成為了動物。　　之后，一個神秘的環保組織SKBE擄走了小新一家人，而為首的，竟然是雙葉里的里長四膳守（山寺宏一 配音）。原來，四膳首

鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資制造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，并以鑲嵌有名貴寶石“天空的貴婦人”的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視臺的人也興師動眾前來

風和日麗的一天，鈴木財團巨資營建的鈴木塔舉行了盛大的開幕典禮。柯南（高山南 配音）和好朋友們自然受邀參觀。誰知一名游客突然被遠處建筑發射來的子彈狙擊身亡，柯南鎖定兇手果斷展開追擊，然而對方膽大非常，公然炸毀攔截他的警車，在重重包圍中脫身而去。在此之后，FBI和日本警方組成聯合調查總部，經朱蒂?斯泰琳

陽光明媚的一天，柯南（高山南配音）、小蘭（山崎和佳奈配音）以及少年偵探團的伙伴們隨同毛利小五郎（小山力也配音）來到大阪，參加在當地舉行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大賽。期間，他們還見到了彼此的好友服部平次（堀川亮配音）和遠山和葉（宮村優子配音）。就在比賽進行中途，一封爆炸預告信送到電視臺，警方迅速