就快放暑假了，小學生上原康一在放學回家的路上撿到一塊大石頭。他把石頭帶回了家，沒想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童來。小河童對他“咕”的叫了一聲，于是康一就給它取名為“小咕”。　　小咕會說人類的語言，幾百年來他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他們一起洗澡，一起吃飯，一起睡覺。而其它家

成為“第三次沖擊”元兇的碇真嗣，變得像廢人一樣……真嗣還能振作起來嗎？2012年《福音戰士新劇場版：Q》之后，這部動畫講述了被封印的故事的后續。

在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣（緒方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優子 配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美 配音）不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子里，彼此鬧