故事發生在今世與來世之間的三洲川。武士家族斯波家世代與外州作戰，族長斯波凈流（又名真劍紅）每天都與外州的主力七無組戰斗。族中智者日下部彥真（Hikoma Kusakabe）察覺到外族進一步入侵的跡象，建議凈流召集臣民抵抗，但凈流因內心的矛盾拒絕了這一提議。一天，外島首領們終于醒悟，發動了全面進攻。眼

圣誕夜，退役自行車選手Gin，性倒錯者花，離家出走的少女美由紀三人在東京的雪夜中無所事事。這時，他們發現垃圾堆中有一位哭泣的棄嬰。孩子的襁褓中僅有一個酒吧的名片與照片。嬰兒的父母身份成了謎團。 花想收留孩子，并將孩子取名清子。但另外2人表示反對。于是三人開始了尋找清子父母的旅程。圣誕夜幸福的氣氛，伴

漆黑的夜晚，一名間諜悄然潛入日本警方某機構，盜走了記載著各國諜報機構重要數據的絕密文件的絕密數據。日本警方和FBI探員赤井秀一（池田秀一 配音）旋即與間諜展開追逐。最后，逃亡者的車輛墜落懸崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴們來到東都水族館觀光，結果發現一名受傷的美麗女子（天海佑希 配音）。該女子

在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣（緒方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優子 配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美 配音）不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子里，彼此鬧

　　在一千年前，人類和惡靈互相戰斗著。人類藉著圣獸的幫忙，遠古的百獸戰士大神月磨擊敗了歐陸克的領袖，而且封印了他。現在，歐陸克開始復蘇，五個年輕人被圣獸認定。他們一定要放棄他們的現在生命而變成新一代的牙吠連者保護地球的和平。