成為“第三次沖擊”元兇的碇真嗣，變得像廢人一樣……真嗣還能振作起來嗎？2012年《福音戰士新劇場版：Q》之后，這部動畫講述了被封印的故事的后續。

在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣（緒方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優子 配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美 配音）不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子里，彼此鬧