故事發生在今世與來世之間的三洲川。武士家族斯波家世代與外州作戰，族長斯波凈流（又名真劍紅）每天都與外州的主力七無組戰斗。族中智者日下部彥真（Hikoma Kusakabe）察覺到外族進一步入侵的跡象，建議凈流召集臣民抵抗，但凈流因內心的矛盾拒絕了這一提議。一天，外島首領們終于醒悟，發動了全面進攻。眼

歴史を守るために名刀から姿を変えた刀剣男士たち。ある日、彼らの本丸に、謎の男士が現れる。特命調査の出陣要請を求める彼は、放棄された世界、歴史改変された文久土佐藩への道を開いたと告げる。そして、調査のため刀剣男士たちは播磨屋橋へ向かうが……

《佐佐木與宮野》宣布新作動畫制作決定。