堪稱動畫史上的最強對決到來！傳奇大盜魯邦三世（栗田貫一 配音）和他的戰友次元大介（小林清志 配音）、石川五衛門（浪川大輔 配音）來到東京，以怪盜基德之名挑戰日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，魯邦高調寄出預告書，揚言要盜取某銀行內的稀世珍寶櫻桃藍寶石，為此國際刑警組織（ICPO）的魯邦三世專門

故事發生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四

草薙素子之后，巴特與偵探出身的陀古薩結為搭檔。近期發生多起機器人偶殺害主人繼而自殺的事件，由于受害者家屬均無公訴，且死者中有政客與公安官員，于是公安9課派出巴特小組調查此案。殺人人偶皆為荒涼地帶公司出品的哈德莉機型，應部分顧客要求，該機型同時具備異性玩伴的功能，巴特從荒涼地帶公司出貨官遇害入手，卷入

故事發生于東京，在全球最大體育盛事WSG即將召開之際，知名企業的高官卻接連在贊助商酒會現場遭到綁架，而自新名古屋站至東京的最高時速1000km的真空超導磁懸浮列車也被卷入其中，一場牽動國際目光的重大案件就此展開。