剛畢業的醫學院學生保本（加山雄三 Yuzo Kayama 飾），在父親的介紹下，來到窮鄉僻壤的小石川診所實習。他的老師是一位被稱作紅胡子（三船敏郎 Toshiro Mifune 飾）的古怪醫師。起初，向往長崎的保本對這個貧民窟厭惡之極，并遷怒于紅胡子，覺得自己受騙上當，無用武之地。　　紅胡子是這里

郊外神社的神殿里，九位年輕武士在秘密開會，城代家老的外甥井坂（加山雄三飾）準備向大目付菊井求助整治內部問題。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎飾）出現，告訴他們菊井才是背后的黑手。果然，神殿很快被大目付手下團團圍住，三十郎出手替年輕人解危，而室戶半兵衛（仲代達矢飾）卻欣賞三十郎的身手，歡迎他加入。之

抗戰中后期，山西玄武關附近，日軍步兵463聯隊遭八路軍毀滅性圍殲，全員團滅，代表日軍榮耀的軍旗不知去向，日軍遂命令一支不受人待見的獨立愚連隊“左文字小隊”前往全力搜索軍旗，而八路軍游擊隊等各方部隊也展開了圍搶軍旗行動，一場別開生面，哭笑不得的軍旗爭奪戰就此拉開帷幕。。。。