總有一天不論如何都要一起制作動畫——上山高中動畫同好會的5人向葫蘆屋的甜甜圈如此起誓。她們畢業以后，分別在各自的崗位從事動畫制作，并通過《第三飛行少女隊》而接近了自己的夢想。　　4年后——。在動畫的世界找到了自己的容身之所、逐漸成長起來的5人，開始面對新的苦惱和試煉。

　　地球歷2110年。成功進入宇宙的人類，把多個資源小行星收歸入囊，他們認為這樣就與未來和繁榮掛鉤了。　　但是，在外宇宙的橋頭保——木星圈，自稱“泛銀河統一帝國”的神秘勢力烏魯加爾襲來，使得地球陷入了關乎存亡的危機。　　這時候，通過操控遺傳基因而適應宇宙的人類誕生了，因此成立了特務機關MJP，而其下