講述了四個陌生人的生活在澳大利亞沙漠中部的移民拘留中心產生交集：一個逃離危險邪教的空姐，一個逃離迫害的阿富汗難民和他的家人，一個逃離無前途的工作的年輕父親，以及一個來不及遏制全國性的丑聞的官僚。

上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈復活后，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。　　此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧