上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈復活后，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。　　此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧

史蒂夫·艾爾文（本人飾）是澳洲著名的野生動物保護者，一直致力于保護野生動物，頑強地與偷獵者斗爭。這一次，他發現一群“偷獵者”正在圍剿一只野生鱷魚。出于正義感，他勇敢地介入，然而這些“偷獵者”竟是美國政府派來的秘密偵探，他們的任務是尋找一個珍貴的電子芯片，而那只鱷魚正是因為誤吞了芯片才遭此劫難。在澳洲