在上一集中大顯神威的特工頭子奧古斯塔斯（塞繆爾?杰克遜 Samuel L. Jackson 飾）這次遇到了大麻煩，他和武器專家托尼在國家安全局的地下指揮中心竟遭到殺手追殺。奧古斯塔斯懷疑這些殺手是被政府內部激進分子指派，蓄意顛覆國家政權，于是他希望物色一名合適的特工戳穿害群之馬的險惡陰謀。最后，奧古

上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈復活后，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。　　此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧