《黑客帝國動畫版》由9段以《黑客帝國》系列電影世界觀為基礎生發出的短片組成，各篇的角度與風格各異，制作班底匯聚了日本、美國、韓國三地的動畫精英。《機器復興》講述了MATRIX的歷史。機器人不堪人類惡劣對待，終于反抗并將人類化為能源。《少年故事》講述一名少年突然收到來自網絡的召喚，而大批黑衣人開始對他

尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）重回矩陣：在這里，一個是矩陣創造出來，周而復始的日常世界，另一個則是隱藏其后，真實的人類世界。為了弄清楚自己所處的“現實”究竟是真是假，尼奧不得不再次做出選擇……