本片根據約翰修斯的小說改編而成，敘述3個高中新生在入學第一天就飽受校園惡霸欺負，為了不讓將來的日子越來越難過，他們在「軍人榮光」雜誌中刊登廣告，希望顧到一名保鏢。沒想到來應徵的是崔比，他以海灘為家、收費低廉，而他將為3個小老闆帶來前所未有的震撼教育。

尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）重回矩陣：在這里，一個是矩陣創造出來，周而復始的日常世界，另一個則是隱藏其后，真實的人類世界。為了弄清楚自己所處的“現實”究竟是真是假，尼奧不得不再次做出選擇……

影片故事仍將圍繞贊佩里尼（塞謬爾·亨特 飾）展 開，片中美國基督教福音布道家葛培理（威爾·格拉漢飾）也將出現。