穆德（David Duchovny 大衛?杜楚尼 飾）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉蓮?安德森 飾）亦同時發現自己懷有身孕。穆德的辦公室被搜查，斯科莉請求Skinner（Mitch Pileggi 飾）幫助尋找搭檔，孤槍俠也參與進來。FBI高層則派出探員約翰?多

　　在電影FTF里出現的變種alien從一個基因技術研究公司的員工肚子里鉆出來逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他帶Mulder去找那個alien。Scully證明出Gibson可能是外星人（所有人類都可能是）。X檔案現在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不見