續集故事繼續圍繞杰克（湯姆·克魯斯 飾）展開，他重回弗吉尼亞州的軍事基地和蘇珊·特納少校會面，要解決一些個人問題。此時，特納卻意外被捕。杰克同時也陷入謎團，因為他被誣告犯有重罪，而且牽涉到一個自己完全不知道的小孩。這些，杰克都記不起來了。他要克服重重困難，去尋找特納，最終解決問題。

恐怖分子在聯邦大廈內制造了大爆炸，爆炸釋放出的有毒氣體通過通風系統傳播。而他們的目的是：揭露政府的秘密生物武器，那是一種致命的病毒。它能立即攻擊人的腎上腺系統，使吸入這種有毒氣體的人具有超越常人能力，但他們將不再是人因為這種氣體讓他們失去理智，成為了殺人工具。　　病毒在聯邦大樓內散布開來，員工變得