繁華鬧市，妖艷女子田代惠美（伊藤步 飾）墜樓身亡，身后留下一名年僅六歲的兒子新兒（高橋來 飾）。惠美的妹妹夏美（尾野真千子 飾）聞訊趕來，偶遇自稱新兒父親的男子鈴木元（堺雅人 飾）。鈴木的舉止引起神奈川搜查一課警部補黑巖忠嗣（高橋克實 飾）的懷疑，他調查對方此前所在單位港東大學生命科學研究所，從校長

2010年，超大型臺風橫掃福岡沖，這片海域上名為“列格利亞”的天然氣鉆井平臺遭到猛烈襲擊，其附近一艘貨船撞向平臺，引發強烈火災。為了防止造成慘烈的損失，保護國家的重大課題項目，隸屬第十管區鹿兒島航空基地的仙崎大輔（伊藤英明 飾）和伙伴吉岡哲也（佐藤隆太 飾）等海猿戰士臨危受命，在平臺所屬公司的設計者