某日，一群使用風遁之術的空忍空襲火之國，無數民眾和忍者遇害，形勢危急。據綱手大人所言，這群不速之客正是在第二次忍者大戰中落敗的空之團，如今他們懷著復仇之心再次出現。卡卡西（井上和彥 配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴人（竹內順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、雛田（水樹奈々 配音）受命組成三人醫