和戈魯戈姆酣戰半年后，世間終于迎來了久違的安寧。然而，這份和平卻如泡沫般脆弱，怪魔界克萊西斯帝國的突然降臨，再度打破了平靜。克萊西斯帝國的杰克將軍，對南光太郎的實力垂涎三尺，妄圖將他收歸麾下，為己所用。但光太郎堅守正義，斷然拒絕了這無理的要求。杰克將軍惱羞成怒，悍然出手破壞了光太郎的變身機能，還將他

　　在與戈魯戈姆戰斗后半年，本應取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝國打破。克萊西斯帝國的杰克將軍想拉攏南光太郎作為部下，但光太郎不答應，于是杰克將軍便將其變身機能破壞。　　變身機能破壞的情況下，光太郎被扔往宇宙。在即將變為宇宙塵埃的時候，光太郎被神秘的太陽光線照射，其體內的帝王石亦產生了變化，光太郎也

受到突如其來的怪獸襲擊，地球上的人類幾乎滅亡。為了人類最后的希望，由7名女性組成的TEAM·U守護著地球上最后的孩子。　　與此同時，因為聽到呼喚而從其它宇宙前來的賽羅奧特曼、戴拿奧特曼和高斯奧特曼成功與TEAM·U會合。而侵略地球的幕后元兇百特星人，亦把魔手伸向地球上僅存的孩子……